Bonsai‑scout: Highlights（公式紹介動画） 要約・日本語訳
https://www.youtube.com/watch?v=TE7TRJ6cQuY
LLM講義ノート
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0:00 – 0:30 イントロダクション
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時間 話者の説明 (要約) ポイント解説
0:01 "Hello everyone… bonsai scout app highlights." Bonsai‑scout は高次元データ を樹状に可視化・解析するブラウザアプリ。
0:08 表示中:デンドログラム レイアウト で描いた Bonsai ツリー。データはTabula Muris 公開シングルセル RNA‑seq。 Tabula Muris はマウス37組織の細胞約10万個を収録した代表的データセット。色は組織別。
0:25 リンクから誰でもこの結果を閲覧可能。 公開データと可視化結果を共有できることが、共同研究や教育で便利。
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0:30 – 0:57 レイアウト切替と双曲面ディスク
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時間 要約 ポイント解説
0:31 "We can look at this tree in different ways… equal‑angle layout on the hyperbolic disc." 等角レイアウト はツリーを円盤上に均等配置。双曲面(ハイパーボリック)ディスクに乗せるとフィッシュアイ効果 でフォーカス部は拡大、周辺は圧縮される。
0:48 フォーカスした枝に注目しつつ全体構造を把握可能。 データ数が多くても迷子にならずに探索できる UI。
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0:57 – 1:34 遺伝子発現のオーバーレイ & クラスタリング
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時間 要約 ポイント解説
0:57 ユーザーは関心遺伝子を選び、発現量を色で重ねて表示できる。 特定遺伝子の機能や細胞タイプを直感的に確認可能。
1:11 ツリー構造を使い下流解析 も実行可能。例として「8クラスタ」に分割。 クラスタリングをツリー距離 に基づき自動で行うため、距離関係を損ねにくい。
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1:34 – 2:10 クラスタ注釈とマーカージーン探索
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時間 要約 ポイント解説
1:34 適切と思うクラスタ数が得られたらAnnotation として保存。 分析メタ情報をツリーに重ね保持できる。
1:41 例: クラスタ5を選択し「マーカージーンを表示」。サブセット2=その他すべての細胞と比較。 自動で差次発現解析 を実行。非エンジニアでもワンクリックで主要遺伝子が得られる。
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2:10 – 2:32 マーカー結果の解釈
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時間 要約 ポイント解説
2:10 実行後、値 ≈1 は選択クラスタで高発現(正のマーカー)、≈0 は他クラスタで高発現(負のマーカー)。 数値の意味がシンプルで評価しやすい。
2:25 「More options available… 詳細はドキュメントか別動画へ」 使い方を段階的に学べる学習リソースが用意されている。
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2:32 – 3:07 自分のデータをアップロード
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時間 要約 ポイント解説
2:33 "If you are interested in making a Bonsai on your own data… bonsai.unibas.ch" Webサーバに mRNA カウントテーブルをアップロード すると、バックエンドで自動的に Bonsai が走り、結果の URL が届く。
2:47 データのアップロード方法を解説した動画も公開。 ノーコードで解析を始められる導線が整備されている。
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3:07 – 3:22 クロージング & 問い合わせ
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時間 要約 ポイント解説
3:07 "These were the highlights. If you have questions or feature requests… email us." 開発チームへのフィードバック窓口を案内。コミュニティ参加を促進。
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Bonsai‑scout の意義（まとめ）
1. 高次元データの直観的可視化: 従来の2D散布図に比べ、樹状表示は局所・大域構造を同時に保持しやすい。
2. インタラクティブ解析: クラスタリングやマーカージーン抽出など、解析パイプラインをワンクリックで実行可能。
3. ノーコード運用: ブラウザとアップロード用 Web サーバだけで完結し、プログラミング不要。
4. 共同研究・教育に最適: 結果は URL 共有でき、双曲面ビューで初心者も迷わず探索できる。
5. 拡張性: 詳細チュートリアル動画やドキュメントがあり、段階的に学べる。
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参考リンク
注: 本ノートは上記ハイライト動画の公式英語トランスクリプトを元に、内容を時系列に忠実かつ平易に再構成しました。
Reference
Bonsai-scout ハイライト講義ノート
## 字幕機械翻訳
Time Subtitle Translation
00:01 Hello everyone. Uh in this video I'll こんにちは、みんな。このビデオでは、ええと
00:04 quickly show you the highlights of the bonsai scout app. Um what you can see Bonsai Scoutアプリのハイライトをすばやく表示してください。ええと、あなたが見ることができるもの
00:09 here is a dendrogram layout of a bonsai tree made on the doubleamurus data set DoubleAmurusデータセットで作られた盆栽の木の樹状図レイアウトは次のとおりです
00:16 and this data set and its bonsai results are publicly そして、このデータセットとその盆栽の結果は公開されています
00:21 available under this link. What you see are in different colors are that cells このリンクで利用できます。色が異なるのは、そのセルです
00:26 come from different tissues. Um but we can look at this tree in different ways. 異なる組織から来ます。ええと、この木をさまざまな方法で見ることができます。
00:32 For example in the dendrogram layout as here but also in the equal angle layout たとえば、ここにある樹木レイアウトではなく、等しい角度レイアウトでも
00:39 uh which we typically plot on the hyperbolic disc automatically creating ええと、私たちは通常、双曲線ディスクで自動的に作成します
00:44 uh a fisheye effect where you can focus on different parts of the tree while the ええと、木のさまざまな部分に集中できる魚眼効果
00:49 rest of the tree still remains visible but gets squeezed towards the edges of 木の残りの部分はまだ見えますが、の端に向かって絞られます
00:54 the disc. You can in the app for example um ディスク。たとえば、アプリではできます
01:00 overlay gene expression for genes that you like. You can just scroll through あなたが好きな遺伝子のオーバーレイ遺伝子発現。スクロールするだけです
01:06 and find a gene that is interesting to you. Um but except for visualizing you そして、あなたにとって興味深い遺伝子を見つけてください。ええと、あなたを視覚化することを除いて
01:13 can also use uh the tree structure to do uh downstream analysis. For example you ツリー構造を使用して、下流分析を行うこともできます。たとえば、あなた
01:20 can decide to cluster the cells in let's say eight たとえば8つでセルをクラスター化することを決めることができます
01:25 clusters and then we'll use the tree structure to create groups of cells that クラスターしてから、ツリー構造を使用して、セルのグループを作成します。
01:30 are maximally separated on the tree. Once you have found the clustering that ツリー上で最大限に分離されています。クラスタリングを見つけたら
01:35 you uh think is reasonable you can add it as annotation and then you can even あなたはええと、合理的だと思います、あなたはそれを注釈として追加することができます、そしてあなたもできることさえできます
01:40 go ask the app which genes mostly distinguish one cluster from another. So どの遺伝子が1つのクラスターを別のクラスターと区別するかをアプリに尋ねてください。それで
01:48 I'm maybe interested in this cluster five. So I select このクラスター5に興味があるかもしれません。だから私は選択します
01:55 it and I then ask give me uh markers for this cluster and automatically I have それと私はこのクラスターのために私にマーカーを与えてください、そして私は自動的に持っています
02:05 selected subset two which is then all remaining cells. So this will run for a 選択されたサブセット2は、残りのすべてのセルです。したがって、これはaのために実行されます
02:10 bit and then give us the marker genes. So values close to one mean um this is a ビットしてから、マーカー遺伝子を与えてください。したがって、1つに近い値はこれが
02:16 positive marker of the group that I selected. Values close to zero mean that 私が選択したグループの肯定的なマーカー。ゼロに近い値はそれを意味します
02:21 this is a negative marker. So these are genes that are up in the rest of the これは負のマーカーです。したがって、これらは残りの部分にある遺伝子です
02:25 tree. So there's many more options in the Bonsai Scout app. Um but for a full 木。そのため、Bonsai Scoutアプリにはさらに多くのオプションがあります。ええと、しかし完全です
02:32 detailed view you can either read the instructions or watch our other video in 詳細なビュー、あなたは指示を読むか、私たちの他のビデオをで見ることができます
02:37 which we go over all the features. Um but what I still want to say is if you これについては、すべての機能について説明します。ええと、でも私がまだ言いたいのはあなたが
02:42 are uh interested in um making a bonsai on your own data you can go to あなた自身のデータで盆栽を作ることに興味がありますか、あなたはに行くことができます
02:51 bonsai.unibas.ch and there you can upload your mRNA count table and we will bonsai.unibas.chそしてそこにあなたはあなたのmRNAカウントテーブルをアップロードすることができます、そして私たちは
02:56 run Bonsai for you and give you a link to the results あなたのために盆栽を実行し、結果へのリンクを与えてください
03:03 that you can then explore in the Bonsai Scout app. その後、Bonsai Scoutアプリで探索できること。
03:06 We have also made a video that explains how you should upload your また、どのようにアップロードするかを説明するビデオも作成しました
03:12 data. That's it for now. These were the highlights. Um if you have questions or データ。今のところそれだけです。これらはハイライトでした。ええと、質問がある場合
03:19 feature requests or comments please send us an email and uh we'll get back 機能のリクエストやコメント、メールを送信してください。
03:24 to you. あなたへ。